Vào thời điểm trên, tàu khách Thống nhất SE4 với 12 toa xe từ thành phố Hồ Chí Minh ra Hà Nội, khi đến Km15+800 khu ga Thường Tín - Văn Điển  đã va phải hai người phụ nữ đi xe máy. Vị trí xảy ra tai nạn là đoạn đường sắt đi qua lối đi tự mở thuộc thôn Văn Giáp, xã Văn Bình (huyện Thường Tín).

Vụ tai nạn đã khiến 2 nạn nhân tử vong tại chỗ, xe máy bị hư hỏng. Các nạn nhân được xác định là L.T.K.T (sinh năm 1989) và N.T.S (sinh năm 1991), cùng trú tại huyện Thường Tín. 

Sau khoảng 20 phút dừng lại giải quyết vụ việc, đoàn tàu tiếp tục khởi hành lúc 5 giờ 50 phút cùng ngày.