Nga Phú là một trong số nhiều xã ven biển của huyện Nga Sơn đến thời điểm này vẫn chưa có nước sạch. Hầu hết các hộ dân đều dùng nước giếng khoan, giếng đào hoặc xây bể chứa nước mưa. Tuy nhiên, hệ thống nước ngầm đều đã bị nhiễm mặn, nhiễm phèn, chứa nhiều tạp chất nên không sử dụng được. Xã Nga Phú hiện có trên 7.000 nhân khẩu đang thiếu nước sạch để dùng.

Để có nước sạch cho người dân, huyện Nga Sơn đã phối hợp với doanh nghiệp xây dựng 2 Nhà máy nước sạch phía Nam và phía Bắc với tổng kinh phí gần 240 tỷ đồng. Tuy nhiên, do chi phí lắp đặt đồng hồ sử dụng nước sạch cao, nên dù "khát" nước sạch nhưng người dân một số xã trên địa bàn huyện Nga Sơn vẫn chưa mặn mà với việc đấu nối cấp nước.