SEA Games 29 sẽ có 11 đội tham dự bao gồm chủ nhà Malaysia, Việt Nam, Thái Lan, Indonesia, Myanmar, Philippines, Singapore, Lào, Campuchia, Brunei và Đông Timor.

Theo thể thức bốc thăm mới nhất môn bóng đá nam tại SEA Games 2017, chủ nhà Malaysia có quyền chọn đối thủ để lọt vào bảng 5 đội nhẹ nhất. Trong khi Việt Nam có khả năng cùng 'bảng tử thần' với Thái Lan, Indonesia, Singapore.

Cụ thể, ĐT U22 Thái Lan giành HCV SEA Games 2015 sẽ là hạt giống số 1 bảng A (mã A1). Đội á quân U22 Myanmar sẽ là hạt giống số 1 bảng B (B1). Trừ Thái Lan và Myanmar và nước chủ nhà U22 Malaysia, BTC quyết định sẽ bốc thăm ngẫu nhiên 8 đội còn lại cho các suất A2, B2, A3, B3, A4, B4.

U22 Việt Nam có thể rơi vào bảng đấu khó tại SEA Games 29

Sau khi đã có kết quả cụ thể các bảng đấu, chủ nhà U22 Malaysia sẽ được quyền chọn bảng đấu mà không qua bốc thăm.

Quy định bốc thăm ở bóng đá nam cũng được áp dụng ở nội dung bóng đá nữ tại SEA Games 2017. Nhà được kim vô địch Thái Lan nhận mã A1, á quân Việt Nam nhận mã B1. BTC sẽ bốc thăm ngẫu nhiên 2 suất A2 và B2. Sau đó, Malaysia sẽ được quyền chọn bảng để tránh Myanmar.