Theo thống kê, hiện nay có 306 trường hợp lấn chiếm, sử dụng đất không đúng mục đích để xây dựng nhà ở, cùng với đó là hơn 300 ha đầm Ô Loan cũng bị lấn chiếm để làm  580 hồ nuôi tôm. Tình trạng nuôi thủy sản trái phép trong khu vực đầm Ô Loan đã tác động xấu đến môi trường, cảnh quan của thắng cảnh đầm cấp quốc gia này.

Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Phú Yên, mặc dù đã có sự phối hợp thường xuyên giữa Sở và địa phương trong quản lý nuôi trồng thủy sản trên đầm Ô Loan, tuy nhiên việc quản lý quy hoạch vùng nuôi còn yếu, chính quyền các xã quanh đầm gần như buông lỏng việc quản lý các hoạt động nuôi trồng thủy sản trên đầm nên tình trạng cơi nới ao đìa cũ, phát sinh ao mới, nhất là hình thức cắm cọc thu vớt vẹm cháy, chắn đăng lưới xăm để nuôi trồng thủy sản bằng lờ dây không được xử lý kịp thời.