Theo kế hoạch ban đầu, lộ trình chặng 6 từ TP Huế đi TP Hội An có cự ly thi đấu 130km diễn ra vào sáng ngày 29/10.

Thực hiện yêu cầu của Thủ tướng Chính phủ tại Công điện số 1490/CĐ-TTg ngày 27/10/2020 yêu cầu khẩn trương ứng phó bão số 9, căn cứ vào tình hình thực tế, BTC Giải xe đạp VTV Cúp 2020 quyết định điều chỉnh lộ trình thi đấu Chặng 6. 

Theo đó chặng đua này sẽ xuất phát tại TP. Huế, tỉnh Thừa Thiên Huế và kết thúc trên đỉnh đèo Hải Vân (ranh giới giữa tỉnh Thừa Thiên Huế và thành phố Đà Nẵng) với cự ly thi đấu là 75km. 

Sau khi kết thúc chặng đua này, các VĐV sẽ di chuyển về thành phố Tam Kỳ, tỉnh Quảng Nam. Xe tiếp tế của các đội được phép lên đỉnh đèo Hải Vân trước để đón các VĐV. BTC sẽ tổ chức trao thưởng Chặng 5 và Chặng 6 vào buổi sáng ngày 30/10/2020, trước khi xuất phát Chặng 7 vòng quanh thành phố Tam Kỳ.