Bảng A:

Thái Lan

Myanmar

Philippines 

Singapore

Đội thắng trong trận giữa Timor Leste và Brunei

Bảng B:

Việt Nam

Malaysia

Indonesia

Campuchia

Lào

Ban tổ chức bốc ngược, từ thứ tự nhóm hạt giống 5 đến hạt giống số 1. 

Buổi bốc thăm chia bảng AFF Cup 2020 được tổ chức trực tuyến.

Để chuẩn bị cho lễ bốc thăm, AFF đã tiến hành chia nhóm hạt giống cho 10 đội tuyển dựa trên thành tích thi đấu tại 2 kỳ AFF Suzuki Cup gần đây nhất. Theo đó, nhóm hạt giống số 1 gồm có ĐT Việt Nam (đương kim vô địch) và ĐT Thái Lan. Nhóm hạt giống số 2 gồm có ĐT Malaysia và ĐT Myanmar. Nhóm 3 gồm các đội tuyển Philippines, Indonesia. Nhóm 4 gồm các đội tuyển Singapore, Campuchia và nhóm 5 gồm các đội tuyển Lào, Timor Leste hoặc Brunei (đá play-off tranh vé vớt).

10 đội tuyển sẽ được chia vào 2 bảng A và B, mỗi bảng 5 đội. Việc bốc thăm sẽ bắt đầu với 2 đội tuyển ở nhóm 5 (Lào và đội thắng trận play-off) cho vị trí A5/B5 ở lần bốc thăm đầu tiên. Tiếp đó lần lượt là 2 đội tuyển ở nhóm 4 (Singapore, Campuchia) cho vị trí A4/B4; 2 đội tuyển ở nhóm 3 (Philippines, Indonesia) cho vị trí A3/B3; 2 đội tuyển ở nhóm 2 (Malaysia, Myanmar) cho vị trí A2/B2 và cuối cùng là 2 đội tuyển ở nhóm 1 (Việt Nam, Thái Lan) cho vị trí A1/B1.